Eine breit angelegte Fächerwahl ermöglicht es den Schulmusikstudierenden, sich während des neun Semester dauernden Studiums umfassende Kompetenzen anzueignen.
Das Studium fächert sich in drei Studienbereiche auf: Den künstlerisch-musikpraktischen Bereich, den wissenschaftlichen Bereich (Musikwissenschaft und Musikpädagogik) und den „Allgemeinen Wahlpflichtbereich“. In allen drei Bereichen haben die Studierenden die Möglichkeit, Studienschwerpunkte nach eigenen Neigungen und Interessen zu bilden.  Z.B. werden das künstlerische Leistungsfach und die Examensarbeit von jedem Studierenden selbst festgelegt und sehr eigenständig gestaltet.  

Als Erstinstrumente können an der Trossinger Musikhochschule gewählt werden:
Klavier, Orgel, Cembalo, Akkordeon, Gitarre, Violine, Viola, Violoncello, Kontrabass, Querflöte, Oboe, Klarinette, Fagott, Saxophon, Blockflöteninstrumente, Trompete, Horn, Posaune, Schlaginstrumente, Harfe, Viola da Gamba in Verbindung mit Violoncello, Laute in Verbindung mit Gitarre, Cembalo in Verbindung mit zwei anderen historischen Tasteninstrumenten (Hammerklavier, Clavichord oder Orgelpositiv). Mit Genehmigung des Prüfungsamtes ist auch ein anderes für den Musikunterricht an Gymnasien geeignetes Instrument zulässig.
Falls Klavier nicht Erstinstrument ist, wird es als Zweitinstrument studiert. Studierende mit Klavier als Erstinstrument müssen einen instrumentalpraktischen Kurs (u.a. Perkussions-, Gitarrenensemble) besuchen oder ein Melodieinstrument erlernen.